Территория Верх-Коенского сельсовета расположена в северо-восточном направлении от районного центра г. Искитима, на юго-востоке от г. Новосибирска, на правом берегу р. Обь, относится к пригородной зоне.
Территория Верх-Коенского сельсовета граничит с Новосибирским, Тогучинским, Искитимским (Усть-Чемским с/с, Тальменским с/с, Морозовским с/с) районами.
